Atos, la UCL y Arm unen fuerzas para ampliar los usos de la computación en la nube en el campo de las ciencias de la vida

Paría, 1 de junio de 2022

Atos y la University College London (UCL) anuncian que han ejecutado con éxito la herramienta de secuenciación de virus, Viridian, utilizada para detectar mutaciones en la cepa SARS-Cov-2 del coronavirus, utilizando un procesador Ampere® Altra® basado en Arm® en un entorno de nube nativo y experiencia en integración de Atos. Este proyecto fue coordinado por el Centro de Excelencia en Ciencias de la Vida de Atos, cuyo objetivo es fomentar una cultura de exploración, descubrimiento y creación conjunta para aprovechar el poder de las tecnologías digitales para avanzar en la precisión de la medicina y acelerar el descubrimiento y desarrollo de fármacos.

A medida que los datos crecen exponencialmente y se vuelven más difíciles de procesar en las ciencias de la vida, los científicos confían en la computación de alto rendimiento (HPC) y la computación paralela para procesar y analizar rápidamente grandes cantidades de datos.

Dado que la plataforma Ampere Altra, basada en Arm Neoverse, está diseñada para administrar cargas de trabajo en la nube, la simulación y los resultados se pueden obtener no solo on-site, sino también directamente en la nube, en todo tipo de plataformas HPC y desde cualquier lugar.

El proceso será aún más fácil con Nimbix Supercomputing Suite de Atos, que brinda a los investigadores y científicos soluciones en la nube flexibles, escalables y fáciles de usar para flujos de trabajo intensivos en computación.

A medida que cada vez más laboratorios utilizan soluciones basadas en Arm, aprobar esta prueba de concepto les permitirá ejecutar Viridian en sus sistemas para estudiar los flujos de trabajo de las ciencias de la vida y detectar varias mutaciones en el genoma del SARS-CoV-2, para finalmente contribuir a la lucha. contra el COVID-19.

Este trabajo combinó las habilidades de un equipo de expertos de Atos y Arm centrado en optimizaciones de hardware y software, así como un equipo científico de la UCL dedicado a aplicaciones científicas para estos casos de uso específicos. La colaboración ha optimizado los equipos de software y hardware en este esfuerzo de codiseño para cumplir con los requisitos de flujo de trabajo de investigación genómica de última generación, que ya se están implementando en entornos clínicos.

Emmanuel Le Roux, SVP, Responsable global de HPC, IA y Computación cuántica de Atos, dijo: «Ser el líder europeo indiscutible en HPC no solo significa ser el mayor proveedor de sistemas para los centros de HPC europeos en términos de PetaFlops, sino también trabajar en estrecha colaboración. con muchas instituciones científicas y de investigación europeas para permitir diversas producciones y simulaciones de datos cruciales a diario. Este trabajo, bajo el paraguas del Centro de Excelencia en Ciencias de la Vida de Atos, demuestra que la colaboración entre la academia y la industria, a través del poder de la supercomputación, abre nuevas vías para los avances científicos. Hoy, demostramos una vez más la importancia de la computación híbrida para impulsar la innovación y proporcionar a los científicos aplicaciones del mundo real para las ciencias de la vida.»

Alex Wade, investigador asociado de la UCL: “Este esfuerzo de codiseño entre Arm, Atos y la UCL ha optimizado tanto el nuevo hardware de Arm como su software de genómica de vanguardia, mejorando aún más su potencial en aplicaciones de ciencias de la vida real. Trabajar con socios de la industria ha dado como resultado un concepto clave para el futuro de las aplicaciones de HPC, donde el hardware y el software están en disposición de trabajar en conjunto, a diferencia de la visión típica de software actualizado continuamente para que coincida con las nuevas versiones de los equipos de hardware. Este trabajo se llevó a cabo en el marco del Centro de Excelencia en Biomedicina Computacional (CompBioMed) y fue posible gracias a la amplia experiencia interdisciplinaria de CompBioMed. Arm y Atos han sido socios valiosos en este trabajo. Esperamos que nuestro proyecto dé lugar a futuras colaboraciones y pueda servir de modelo para otras actividades de codiseño.»

 

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